Coryphantha magentae è un cactus globoso di colore verde-bluastro. I suoi numerosi tubercoli sono molto prominenti, con areole tondeggianti bianche e lanuginose. Le spine radiali sono bianche-giallastre, ricurve e tendono ad intrecciarsi tra di loro. Le spine centrali invece sono rigide erette e bruno-rossastro.
I fiori, a forma di imbuto, sono di colore rosso magenta, da qui il nome specifico magentae.
È una pianta a crescita lenta, per la coltivazione ha bisogno di una posizione luminosa (da pieno sole a mezz’ombra) e ben ventilata. Le innaffiature devono essere frequenti ma leggere aspettando sempre che il terreno si asciughi tra una e l’altra. Il terreno deve essere ben drenante.
Questa specie è abbastanza resistente al freddo: può tollerare anche temperature sotto lo zero per brevi periodi con terreno asciutto.